الشعار من أهم الدلالات العميقة التي تنبئك عن غايات المؤسسات التي تمثلها؛ لأنّها تحمل أبعادها الفكرية، ومن هنا نجد شعار جامعتنا جامعة الفلوجة حمل في طيّاته دلالات تمثل العمق والأصالة والتجديد.

فالخط الكوفي العربي العراقي يربط الجامعة بأصالتها العروبية وانتمائها الوطني، والشعاع الأصفر يشير إلى أشعة نور الشمس الذهبية، وهذه الأشعة تنبعث من حروف جامعة الفلوجة لتدل على أنّها تنشر نور العلم في ربوعها فتزيل ظلام الجهل التخلف والضلال، وقد أخذتْ هذه الأشعة شكل قبة المسجد لتوثّق ارتباط الجامعة بإيمانها الإسلامي ومبدئها العلمي الذي انطلق من مساجد أمتنا على امتداد تأريخها، وهو يربطها بواقع محيطها، فالفلوجة هي (أم المساجد)، أمّا شكل حرفي (الألف واللام) فيرتفعان في وسط شعاع العلم بسمو وشموخ، فيتعانقان ليكوّنا منارة المسجد، وقد توّجتْ هذه المنارة برأس القلم؛ للدلالة على أنّ العلم والإيمان متلازمان في سمو الإنسان، وقد ارتفعا في السماء للدلالة على التطور المستمر في طريق العلم والمعرفة التي تخدم الإنسانية، ويشير الخط المستقيم الذي تحت اسم الجامعة إلى استقامة التوجه، وقوة الأساس، وثبات المبادئ، وإنَّ اختيار اللون الأخضر فيه إشارة إلى السلام والنماء، واختيار اللون الأسود فيه إشارة إلى مداد الأقلام الذي أنار عقول المفكّرين والعلماء.

وقد وضع أسفل الشعار تأريخ تأسيس الجامعة بالتأريخين الهجري والميلادي، وكذلك وضع اسم الجامعة باللغة الإنجليزية للتعبير عن انفتاح الجامعة على العالم بكل لغاته وقومياته، فرسالة العلم لا تحدها الحدود ولا تُثنيها التنوعات، فرسالة جامعة الفلوجة هدفها الوصول إلى أبعاد الإنسانية المتنوعة.

​​​​​​​